Vmesnik nam omogoča iskanje po programih, pri čemer lahko iščemo tako po imenu programa kot tudi po opisu, iščemo lahko samo med nameščenimi, odprtokodnimi in zaprtokodnimi programi, prav tako pa tudi po skupinah programov (samo med urejevalniki besedil, igrami ipd.).

Ko želeni program najdemo, ga označimo (lahko jih označimo več hkrati) in kliknemo Apply change, ob ponovnem vprašanju, ali to res želimo storiti, pritrdimo, vpišemo administratorsko geslo (odvisno od nastavitev našega operacijskega sistema) in počakamo na obvestilo o uspešni namestitvi. Takoj za tem je program na voljo (bližnjica do njega se znajde v enem od menijev). Če želimo program odstraniti, je pot ravno obratna – program poiščemo, odznačimo in potrdimo spremembo.

Žal pa vseh programov ne najdemo prek vmesnika Add/Remove, precej več jih najdemo s pripomočkom Synaptic (System -> Administration -> Synaptic Package Manager).

Vmesnik je precej bolj »špartanski«, vseeno pa ponuja več paketov. Podobno kot prej je treba pravi paket poiskati, označiti, izbiro potrditi in počakati, da Synaptic opravi svoje (potrebujemo administratorsko geslo). Synaptic želeni paket posname v računalnik, preveri morebitne povezave do drugih paketov in knjižnic in namesti tudi njih.

Če želimo program odstraniti, je postopek ravno obraten. Opozoriti velja na to, da lahko program (paket) odstranimo na dva načina – pri prvem odstranimo popolnoma vse (tudi konfiguracijske datoteke – možnost »popolnoma odstrani«), pri drugem pa odstranimo samo paket (brez konfiguracijskih datotek), kar z drugimi besedami pomeni, da če se odločimo in program ponovno namestimo, so ohranjene vse prejšnje nastavitve.

Uporaba upravljalnika paketov pa je možna tudi neposredno iz konzole (prek vmesnika apt-get), moramo vedeti le ime paketa, ki ga želimo namestiti oziroma odstraniti.

Za namestitev paketa vtipkamo ukaz: apt-get install ime-paketa oziroma sudo apt-get install ime-paketa (sudo zato, ker lahko v Ubuntu privzeto pakete namešča le administrator oziroma super user − sudo = super user do). Pred namestitvijo je dobro informacije o paketih osvežiti (sudo apt-get update). Če pakete odstranjujemo, uporabimo ukaz: sudo apt-get remove ime-paketa, za odstranitev konfiguracijskih datotek pa dodamo parameter --purge (sudo apt-get remove --purge ime-paketa).

Včasih se zgodi, da želenega paketa v urejevalniku paketov ni (resnici na ljubo se to domačemu uporabniku zgodi sila redko). Razlogov za to je lahko več, najpogostejši med njimi pa je ta, da paketa ni v glavnih Ubuntujevih repozitorijih (ki so privzeto omogočeni). V takšnem primeru moramo omogočiti dodatne repozitorije (System -> Administration -> Synaptic Package Manager zavihek Settings -> Repositories).

Če tudi po tem posegu ne najdemo želenega paketa, nam ostane ročno nameščanje paketov, ki jih lahko najdemo v več oblikah. Kadar uporabljamo Ubuntu, je priporočljivo poiskati pakete s končnico .deb, ki so v osnovi namenjeni GNU/Linux distribuciji Debian (na kateri temelji Ubuntu), vendar pa če niso pripravljeni posebej za Ubuntu, ni nujno, da bodo delovali. Ko paket shranimo v računalnik, ga lahko namestimo na dva načina. Prvi je preprostejši grafični način – tako kot v Windows OS ga namestimo z dvoklikom na ikono. Odpre se orodje gDebi za nameščanje paketov, ki preveri vse odvisnosti med paketi in nam pomaga paket namestiti, prav tako pa nas obvesti, če je kje v repozitorijih na voljo novejša različica.

Naprednejši uporabniki namesto orodja gDebi raje uporabijo konzolo in orodje dpkg. V tem primeru je v konzolo treba vpisati ukaz dpkg -i pot/do/paketa (oziroma sudo dpkg -i pot/do/paketa ) in držati pesti, da ni kakšnih posebnih težav z odvisnostmi med paketi (saj moramo zanje poskrbeti sami).

Zelo priljubljeni so tudi paketi .rpm, ki so v osnovi namenjeni drugim distribucijam (kot so SUSE Linux, Mandriva, Fedora) in ki jih Ubuntujev urejevalnik paketov privzeto ne pozna, vendar pa ga lahko prepričamo tudi v uporabo paketov te vrste. Za to je treba namestiti (najbolje da s pomočjo Synaptica) paket alien, potem pa je možno paket namestiti tako, da v konzolo vpišemo ukaz dpkg -i pot/do/paketa (sudo dpkg -i pot/do/paketa). Tudi v tem primeru velja opozorilo, da ni nujno, da bo namestitev paketa uspešna.
Seveda je možna tudi namestitev iz izvornih datotek, vendar pa je pot nekoliko daljša (in predvsem bolj trnova).

Opisani so bili le nekateri načini nameščanja programov, poti (in različnih vrst paketov) je še več (med drugim je možno namestiti programe .exe, z nekaterimi pripomočki in triki seveda). Velja pa opozorilo, da je najbolj priporočljivo (in seveda tudi udobno) pakete nameščati z urejevalnikom paketov, saj ta namesto nas skrbi za nadgradnje in odvisnosti med paketi ter nam s tem prihrani marsikateri sivi las.