Z neposrednim dostopom do nastavitev, kar vključuje vrtljiv gumb za kompenzacijo osvetlitve, vrtljiv gumb za osnovne nastavitve in gumbe, ki jih je mogoče prilagoditi potrebam, lahko fotoaparat prilagodite fotografskemu slogu. Za popolno prilagodljivost pri postavitvi slike je na voljo velik, 7,5-centimetrski (3,0-palčni) zaslon LCD na dotik, ki ga je mogoče zasukati vstran za 180 stopinj in navzdol za 45 stopinj.

EOS M3 je opremljen z nastavkom za Canonove bliskavice Speedlite, kot dodatna možnost pa je na voljo tudi premično elektronsko iskalo. Združljiv je z objektivi EF-M, vključno z različnimi objektivi s kratko goriščnico in objektivi s povečavo. Možnost Creative Assist omogoča nadzor fotoaparata EOS M3 kar vmesnika zaslona na dotik, učinke pa si lahko ogledate v realnem času, medtem ko fotografirate. Nastavitve, kot so svetlost, zamegljenost ozadja, živahnost barv, kontrast, toplina in učinki filtrov, je mogoče spreminjati, kombinacije pa shraniti za nadaljnjo uporabo.

Video lahko posnamemo v polni visoki ločljivosti Full HD, na voljo pa so hitrosti 24, 25 in 30 slik na sekundo ter snemanje v formatu MP4 za preprosto objavo. Bolj izkušenim snemalcem tehnologija Touch AF nudi prilagodljivo možnost, da tudi pri premikajočih se motivih točke za samodejno ostrenje izberejo na zaslonu LCD. Na voljo je tudi možnost ročnega nadzora nad odprtostjo zaslonke, hitrostjo zaklopa in občutljivostjo ISO.